Los Departamentos son los órganos encargados de coordinar las enseñanzas de una o varias Áreas de conocimiento en uno o varios centros, de acuerdo con la programación docente de la Universidad de Huelva, de apoyar las actividades e iniciativas docentes e investigadoras del profesorado, y de ejercer aquellas otras funciones que les sean atribuidas legalmente.

La Universidad de Huelva tiene los siguientes departamentos:

• Ciencias Agroforestales
• Ciencias de la Tierra
• Ciencias Integradas
• Derecho Público y del Trabajo
• Didácticas Integradas
• Dirección de Empresas y Marketing
• Economía
• Economía Financiera, Contabilidad y Dirección de Operaciones
• Enfermería
• Filología
• Filología Inglesa
• Historia, Geografía y Antropología
• Ingeniería Eléctrica y Térmica, de Diseño y Proyectos.
• Ingeniería Electrónica, de Sistemas Informáticos y Automática
• Ingeniería Minera, Mecánica y Energética
• Ingeniería Química, Química Física y Ciencias de los Materiales
• Pedagogía
• Psicología Clínica y Experimental
• Psicología Social, Evolutiva y de la Educación
• Química - Profesor José Carlos Vílchez Martín
• Sociología, Trabajo Social y Salud Pública
• Tecnologías de la Información
• Theodor Mommsen